Construite au début des années 2000, cette gare ne connaît plus l'activité qu'a connue l'édifice précédent. En effet, dès sa construction, les bateaux comoriens qui faisaient la navette entre Mayotte et Anjouan on dû cesser leur activité : ils ne correspondaient pas aux normes européennes entrées en vigueur à Mayotte.
Seul le "Maria Galanta" qui connaît des pannes fréquentes et le "Tratringa IV", l'unique navire battant pavillon comorien, effectuent maintenant la liaison avec les Comores Indépendantes.
L'activité principale de ces deux bateaux consiste au renvoi des personnes en situation irrégulière à Mayotte vers Anjouan.
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