Il est né en 1956, père de cinq enfants, diplômé d'HEC (hautes études commerciales) et de l'institut d'études politiques. Après un parcours professionnel qui l'a conduit au Japon, dans le Gers, dans le Finistère, dans l'Eure, les Hauts-de-Seine, à Mayotte, dans les Deux-Sèvres, il fut nommé à la Guadeloupe. Jean-Jacques Brot a ensuite été nommé préfet d'Eure-et-Loir. Jean-Jacques BROT a été préfet de Mayotte entre le 3 juillet 2002 et le 17 janvier 2005. L'action de Jean-Jacques Brot à Mayotte a été parfois controversée : "(...) Jean-Jacques Brot, s'est distingué par la fermeté de son action à Mayotte. À l'époque des dérives racistes anti-anjouanaise, Le Quotidien a d'ailleurs dénoncé les excès de cette politique dont l'illustration la plus détestable fut l'incendie criminel d'une trentaine de paillotes occupées par des Anjouanais à Hamouro." (Mayotte Hebdo du 13 mai 2005)
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