L'IEDOM assure la mise en circulation de la monnaie fiduciaire (billets et pièces) .
Elle remplit des missions de service public confiées par l'Etat comme la gestion des comptes du Trésor public.
Elle joue un rôle d'observatoire économique et financier (analyse de la conjoncture, suivi de l'activité bancaire, cotation des entreprises …)
Elle réalise également des études thématiques ponctuelles et participe, avec l'AFD et l'INSEE, au projet CEROM dont le volet mahorais porte sur la toute première estimation du PIB.
A Mayotte, l'IEDOM partage ses locaux avec l'Agence Française de Développement, institution financière spécialisée dans le domaine du développement économique.